Berdasarkan Peraturan Pemerintah Nomor 45 Tahun 1957 tentang Pembentukan Pengadilan Agama/Mahkamah Syari’ah di luar Jawa dan Madura yang diundangkan pada tanggal 9 Oktober 1957 dalam Lembaran Negara tahun 1957 No.99, Menteri Agama RI pada tanggal 13 November 1957 mengeluarkan Penetapan Menteri Agama Nomor 58 Tahun 1957 tentang Pembentukan Pengadilan Agama/Mahkamah Syari’ah di Sumatra. Dalam penetapan tersebut ada beberapa Pengadilan Agama yang dibentuk secara bersamaan yaitu Pengadilan Agama/Mahkamah Syari’ah Bangkinang, Bengkalis, Rengat, dan Tanjung Pinang.
Berdasarkan kata mufakat dari beberapa Alim Ulama dan Cendikiawan yang berada di Pekanbaru khususnya Riau, maka diusulkan sebagai Pimpinan Pengadilan Agama/Mahkamah Syari’ah Pekanbaru K.H. Abdul Malik, anggota Mahkamah Syari’ah Sumatera Tengah yang berkedudukan di Bukittinggi. Dan atas usulan tersebut, pemuka masyarakat yang ada di Riau melalui K.H. Mansur, Ketua Pengadilan Agama/Mahkamah Syari’ah Bukittinggi, Bapak K.H. Djunaidi, Kepala Jawatan Peradilan Agama Jakarta pada tanggal 1 Oktober 1958 secara resmi melantik K.H. Abdul Malik sebagai Ketua Pengadilan Agama/Mahkamah Syari’ah Pekanbaru.
Dengan dilantiknya K.H. Abdul Malik sebagai Ketua Pengadilan Agama Pekanbaru, maka secara yuridis pengadilan agama telah berdiri. Dan atas dasar hari pelantikan tersebut, maka tanggal 1 Oktober 1958 ditetapkan sebagai hari jadi Pengadilan Agama Pekanbaru. Dengan demikian, pada saat ini Pengadilan Agama Pekanbaru berumur 49 tahun.
Pada awal beroperasinya, Pengadilan Agama atau Mahkamah Syari’ah Pekanbaru hanya menempati sebuah kamar kecil yang berdampingan dengan kantor KUA Kota Praja Pekanbaru di Jalan Rambutan Kecamatan Pekanbaru Kota. Dengan meubeler yang hanya satu meja panjang. Kemudian sekitar tahun 1963, Pengadilan Agama Pekanbaru berpindah kantor dengan menyewa rumah penduduk di Jalan Sam Ratulangi Kecamatan Pekanbaru Kota, dan sekitar tahun 1969, kantor Pengadilan Agama Pekanbaru berpindah lagi dengan menumpang di kantor Dinas Pertanian Pekanbaru Kota. Pada tahun itu juga, K.H. Abdul Malik (Ketua pertama) meninggal dunia pada tanggal 1 Januari 1970.
Setelah Almarhum K.H. Abdul Malik meninggal, kepemimpinan Pengadilan Agama Pekanbaru digantikan oleh Drs. Abbas Hasan yang sebelumnya sebagai Panitera Pengadilan Agama Pekanbaru. Sehingga sekitar tahun 1972, kantor Pengadilan Agama Pekanbaru menyewa rumah penduduk di Jalan Singa Kecamatan Sukajadi. Dan sekitar tahun 1976, Pengadilan Agama Pekanbaru pindah kantor ke Jalan Kartini Kecamatan Pekanbaru Kota dengan menempati kantor sendiri.
Pada tahun 1979 terjadi pergantian pimpinan dari Drs. H. Abbas Hasan yang pindah sebagai Ketua Pengadilan Agama Selatpanjang kepada Drs. H. Amir Idris. Pada saat kepemimpinan Drs. H. Amir Idris (1982), Pengadilan Agama Pekanbaru berpindah kantor di Jalan Pelanduk Kecamatan Sukajadi hingga April 2007 dengan beberapa kali pergantian Ketua Pengadilan Agama Pekanbaru yaitu Drs. Marjohan Syam (1988-1994), Drs. Abdulrahman Har, S.H. (1994-1998
